R&D 연구인력개발비 세액공제 및 사전 심사제도

1. 연구·인력(R&D) 개발비 세액 공제

1) 연구인력개발비 세액공제 개요

내국인이 지출한 ‘신성장･원천기술 연구개발비’와 ‘국가전략기술 연구개발비’, ‘일반연구･인력개발비’에 대한 세액공제 제도
* ‘신성장･원천기술 연구개발비’와 ‘국가전략기술 연구개발비’에 해당하지 않는 연구개발

내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용을 해당 과세연도의 법인세 또는 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당)에서 공제하여 주는 제도

조세특례제한법 제10조제1항 발췌

2) 연구인력개발비 도입취지

기업의 연구･인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력 확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충하기 위해 도입

3) 연구·인력개발 정의

• 연구개발 : 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동(조세특례제한법 제2조제1항제11호)

• 인력개발 : 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육･훈련시키는 활동(조세특례제한법 제2조제1항제12호)

※ 연구개발에서 제외되는 활동(조세특례제한법 시행령 제1조의2)

• 일반적인 관리 및 지원활동

• 시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험

• 반복적인 정보수집 활동

• 경영이나 사업의 효율성을 조사･분석하는 활동

• 특허권의 신청･보호 등 법률 및 행정 업무

• 광물 등 자원 매장량 확인, 위치 확인 등 조사･탐사 활동

• 위탁받아 수행하는 연구활동

• 이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동

• 기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동

4) 연구인력개발비 세액공제 요건

기업이 수행하는 활동이 조세특례제한법 제2조제1항에 따른 연구개발 및 인력개발의 정의에 부합할 것

내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발을 위해 지출한 비용으로서 조세특례제한법 시행령 별표6 요건에 규정된 비용. 다만, 다음에 해당하는 비용은 제외(조세특례제한법 시행령 제9조)

• 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

• 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관 및 ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

5) 세액공제 금액 계산방법

(1) 연구인력개발비 세액공제 계산

• 연구･인력개발비 공제대상금액 = ① + ② + ③ (조세특례제한법 제10조제1항)

세액공제를 적용받는 비용(조세특례제한법 시행령 별표6)에 기업규모･업종･기술종류별로 세법에서 정한 일정 비율(조세특례제한법 제10조제1항)을 곱한 금액

① 신성장･원천기술 연구개발비에 대한 세액공제액 - 신성장･원천기술 연구개발비 당기발생액×공제율

②국가전략기술 연구개발비에 대한 세액공제액 - 국가전략기술 연구개발비 당기발생액×공제율

③ 일반연구･인력개발비에 대한 세액공제액: ⓐ와 ⓑ 중 선택
- ⓐ 증가분방식: (일반연구･인력개발비 당기발생액－직전기에 발생한 일반연구･인력개발비)×공제율
- ⓑ 당기분방식: 일반연구･인력개발비 당기발생액×공제율

(2) 항목별 세액 공제율(조세특례제한법 제10조제1항)

① 신성장･원천기술 연구개발비 공제율

② 국가전략기술 연구개발비 공제율

③ 일반연구･인력개발비 공제율 (A와 B 중 선택)

1. 당기분 방식 = 당해연도 연구개발비 × 공제율

B. 증가분 방식＝(당해연도 연구개발비－직전연도 연구개발비)×공제율

※ 증가분 방식의 배제

다음 중 어느 하나의 경우에는 일반연구･인력개발비에 대한 세액공제액 중 증가분 방식은 적용하지 않고 당기분 방식만 적용함
(과도한 세액공제를 받기 위하여 직전연도에 의도적으로 연구･인력개발비를 줄이는 등의 조세회피 행위를 방지하기 위함)

• 당기 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구･인력개발비가 발생하지 않은 경우

• 직전기에 발생한 일반연구･인력개발비가 당기 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균 발생액* 보다 적은 경우

*소급 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균 발생액 = 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 합계액 / 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구･인력개발비가 발생한 과세연도 수 X 해당과세연도의 개월 수 / 12
※ 위 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 않음 (조세특례제한법 시행령 제9조제11항)

(3) 국가전략기술 및 신성장･원천기술 연구개발비 또는 일반연구･인력개발비* 와 공통되는 비용이 있는 경우 (조세특례제한법 시행령 제9조제12항)

* 신성장･원천기술 및 국가전략기술에 해당하지 않는 연구･인력개발비

① 인건비 및 위탁･공동연구개발비가 공통되는 경우(조세특례제한법 시행규칙 제7조 제16항)

• 일반연구･인력개발비와 신성장･원천기술연구개발비 또는 국가전략기술연구 개발비의 공통비용은 전액 일반연구･인력개발비에 포함

• 신성장･원천기술연구개발비와 국가전략기술연구개발비의 공통비용은 전액 신성장･원천기술연구･인력개발비에 포함

② 재료비가 공통되는 경우(조세특례제한법 시행규칙 제7조제16항)

• (계산방법) 공통재료비는 인건비를 기준으로 안분계산

6) 연구인력개발비(R&D) 세액공제 계산 사례

2. 연구인력개발비(R&D) 세액공제 사전심사 제도

1) 연구인력개발비 세액공제 사전심사 개요

연구･인력개발비 세액공제를 적용받으려는 내국인은 지출한 비용이 연구･ 인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청에 미리 심사하여 줄 것을 요청하는 제도

2) 연구인력개발비 세액공제 사전심사 도입취지

세액공제 여부에 대한 불확실성 해소와 가산세 부담을 완화하여 기업들이 연구개발 활동에 전념할 수 있도록 지원하기 위함

3) 연구인력개발비 세액공제 사전심사 혜택

심사결과 통지내용에 따라 연구･인력개발비 세액공제를 신청한 경우 다음과 같은 혜택을 받습니다.

• 신고 내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외, 이후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고가산세 면제

다만, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경･누락 및 탈루 혐의가 있는 경우는 위 혜택 제외

4) 연구인력개발비 세액공제 사전심사 신청방법

(1) 신청인

• 연구･인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자

※ 세액공제를 받기 위해 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고 가능

(2) 신청구분

• 신성장･원천기술과 국가전략기술 연구개발비 세액공제* 관련 연구 개발 활동 및 비용검토

• 일반연구･인력개발비 세액공제** 관련 연구개발 활동 및 비용검토

• 인력개발 비용의 적정 여부 검토

* 신성장･원천기술과 국가전략기술을 얻기 위한 연구개발비는 조특령 [별표7] 또는 [별표7의2] 기술 에 해당해야 하고, 해당 여부는 연구개발세액공제기술심의위원회에서 심의하며, 한국산업기술진흥원 (KIAT)의 세액공제시스템(http://taxcredit.kiat.or.kr)에서 신청 가능함
** 신성장･원천기술과 국가전략기술에 해당하지 않거나 신성장･원천기술과 국가전략기술 세액공제를 선택하지 않은 연구개발비

(3) 신청범위

이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정인 비용도 신청 가능하며, 여러 연구과제 중 특정 연구과제만 선별하여 신청할 수 있고, 비용 확정 전이더라도 연구 개발 활동 해당 여부만 신청할 수 있음

※ 세액공제를 이미 신청한 사항이거나, 보완요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변･자료제출을 거부하는 사항 등에 해당하면 심사제외 될 수 있음

(4) 신청기한

법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 신청 가능하며, 법인세(소득세) 신고 시 연구･인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능함

(5) 신청방법

홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실･본점 소재지 관할 지방국세청 등)

* (홈택스) 국세증명･사업자등록 세금관련 신청/신고 ⇒ 소득･법인세 관련 신청･신고⇒ 연구･인력개발비 사전심사 신청 ⇒ 민원사무구분 ‘신청’ 선택 후 신청

** 재심사 신청은 같은 조회 화면에서 민원사무구분을 ‘재심사 신청’으로 선택 후 신청

(6) 신청서류

사전심사 필수서류인 ｢연구･인력개발비 사전심사 신청서｣, ｢연구개발비 명세서｣, ｢연구개발 보고서｣를 제출하고, 세법상의 연구개발 요건 충족 여부를 확인 할 수 있는 연구개발활동 증빙자료* 와 지출한 비용의 증빙자료를 함께 제출해야 함

* 연구개발활동 증빙자료는 기업부설연구소 등에서 수행한 활동을 입증할 수 있는 자료이며 형식적 제한은 없음

* 한국특허전략개발원(KISTA)이 운영하는 연구노트포털(http://www.e-note.or.kr)에서 연구노트와 관련된 다양한 정보를 제공하고 있음

5) 연구인력개발비 세액공제 사전심사 진행 절차

(1) 심사 프로세스

(2) 심사이원화

사전심사 이용 증가 기대 및 신속･정확하게 검토하여 결과 통지하기 위해, 2021.1.1.부터 중소기업과 개인사업자의 본점 또는 주사무소 소재지에 따라 관할 지방국세청에서 사전심사 진행하고 중소기업 이외의 일반 및 중견기업은 국세청 (본청)에서 사전심사 진행

(3) 2단계 심사

연구개발활동 검토와 비용검토로 구분하여 심사 진행

* 지방국세청 사전심사담당자는 1단계(연구개발활동 검토) 과정에서 기업의 연구개발활동이 조세특례제한법상 연구개발의 정의에 부합하는지 국세청(본청)에 기술검토 요청함. 국세청(본청)은 기술검토 과정에서 외부전문가의 의견이 필요하다고 판단되면, 외부자문위원을 통해 검토의견을 참고할 수 있음

(4) 심사방법

사전심사는 신청인의 편의를 위해 서면심사로 진행함

• 다만, 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구 또는 현장 확인* 요청을 진행할 수 있음
  * 심사절차에서 현장확인이 필수는 아니나, 신청인의 사정으로 현장에서만 확인이 가능한 경우에는 신청인의 동의를 얻어 현장확인을 진행

(5) 보완자료 제출 방법

연구개발활동 및 비용 등을 입증할 목적으로 제출되는 추가 서류는 홈택스(www.hometax.go.kr) 제출을 원칙으로 하지만, 신청인의 사정으로 홈택스 제출이 불가할 경우, 사전심사 담당자와 협의하여 이메일, 우편･방문 등의 방법으로 제출 가능

• (홈택스) ⇒ 국세증명･사업자등록 세금관련 신청/신고 ⇒ 소득･법인세 관련 신청･ 신고 ⇒ ‘연구･인력개발비 사전심사 신청’ 선택 ⇒ 인터넷접수목록 및 추가서류 제출 ⇒ 추가서류 등록/열람 ⇒ ‘첨부하기’ 선택

6) 연구인력개발비 세액공제 사전심사 홈택스 가이드

(1) 연구･인력개발비 사전심사 신청 및 확인 메뉴 들어가기

① 공인인증서를 이용하여 로그인
② 소득･법인세 관련 신청･신고 메뉴에서 ‘연구･인력개발비 사전심사 신청’ 선택

(2) 연구･인력개발비 사전심사 신청

① 민원사무구분에서 ‘신청’으로 자동 선택됨
※ 당초 사전심사 결과에 이의가 있는 경우, ‘재심사 신청’ 선택
② 기본 인적 사항은 로그인된 아이디로 자동으로 입력됨
③ 기본 인적 사항 중 전화번호, 휴대전화번호, 이메일 입력
④ 사전심사 결과통지서를 함께 통보받고자 하는 세무대리인이 있는 경우 해당 세무대리인 사업자등록번호를 입력
⑤ 첨부파일에 파일선택 클릭 후 첨부서류를 등록하고 ‘신청하기’버튼 클릭

(3) 신청서류 제출 자가검증 체크리스트

① 사전심사 신청단계에서 제출서류 누락 여부를 신청인이 스스로 확인할 수 있도록 ‘신청서류 제출 자가검증 체크리스트’ 작성을 필수 사항으로 설정
② 자가검증 체크리스트의 모든 항목에 대하여 체크(여, 부)가 완료된 경우에만 ‘신청하기’ 가능 (모든 항목이 체크된 경우, ‘부’가 있더라도 ‘신청하기’ 가능)

(4) 연구･인력개발비 사전심사 진행상황 및 결과

① ‘사전심사 진행상황 및 결과’ 탭 선택
② 접수일자 설정 후 ‘조회하기’ 선택
③ 신청내역 확인

(5) 연구･인력개발비 사전심사 추가서류제출

① ‘인터넷접수목록 및 추가서류제출’ 탭 선택
② 접수일자 설정 후 ‘조회하기’ 선택
③ ‘첨부하기’ 선택 ※ 제출된 서류 확인은 ‘제출내역보기’ 선택
④ ‘파일선택’을 통해 서류 제출
⑤ ‘보완서류 제출하기’로 추가서류 제출 완료

7) 연구인력개발비 세액공제 사전심사 담당 기관 및 부서